La historia de la Iglesia del Señor Apostólica (ISA) comienza con su fundador, el hermano Carlos del Campo, oriundo de Linares nacido entre los años 1907-1908. Primo del General Carlos Ibáñez del Campo, Presidente de la República en dos ocasiones.
La obra comenzó cuando el hermano Carlos del Campo se encontraba en la ciudad de Punta Arenas a comienzos de 1900, donde oye una voz que le dice: «Vuélvete a Santiago a levantar una iglesia llamada de mi nombre».
La primera congregación se organiza el día 11 de diciembre de 1911 con la asistencia estimada de una veintena de hermanos en la casa de don Federico Rudolph en calle Comercio con Calle Beauchef, Río Bueno, hoy región de Los Ríos. Dicho grupo de hermanos más tarde pasó a denominarse Iglesia del Señor Apostólica.
Con el transcurso de los años se comienza a extender el reino de Dios; ya no solo era Río Bueno, con la ayuda del Señor también se levantaron iglesias en Pitrufquén, Huihuisco, Tringlo (Lago Ranco), San Pablo y Cahuilco.
En el año 1919 se realiza la Primera Conferencia General en Río Bueno durante los días 6 y 7 de agosto. Para el año 1933 había comenzado el trabajo de los grupos juveniles en algunas Iglesias.
En la Conferencia General de 1936, se informa que se había organizado en la iglesia de Pitrufquén una Sociedad de Señoras y Señoritas denominada Unión Femenina Auxiliadora Evangélica.
Para el año 1969 se contaba con los siguientes pastores: Eudocio Montecinos, Juvenal Hidalgo, Francisco Polgatty, Jose Muñoz, Ismael Cárdenas, Carlos Fica, Rudy Montecinos, Belisario Millahual, Cardenio González, Francisco Inai, Walter Geisse y Wilfrido Montecinos.
Se destaca en la historia de la ISA tres décadas donde se vivieron cambios, desde 1970 al 2001; eventos, programas e iniciativas que modificaron sustancialmente la visión tradicional de la ISA, de tal manera que activó su desarrollo denominacional, el movimiento juvenil comienza a tener frutos de manera trascendente que afectaría más tarde de manera positiva el desarrollo de la denominación debido a que comenzó un despertar espiritual en sus filas, donde destacó un espíritu de trabajo de manera notable. Se menciona entre otros: El Festival Musical «En Busca de Talentos», programa que reunió una gran cantidad de cantantes y compositores. La cruzada Evangelística juvenil «Tiempo Final». Las caravanas movilizaron a los jóvenes a lo largo de la ISA. El «DatúDón» era un programa que recolectaba fondos con fines de extensión de la obra del Señor, hoy denominado «Culto de acción de gracias y compromiso de ofrenda».
La Iglesia del Señor Apostólica desde sus comienzos le dio énfasis a la enseñanza de la Palabra y de la doctrina de los apóstoles (Hechos 2:42), es por ello que cuenta con las siguientes escuelas: